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Nicolas Pollet

Jan21

portrait_npChargé de Recherche

Membre de : Polygnome

Tel. 01 69 82 37 10

Fax 33 1 69 82 37 36

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Thèmes de recherche

Génomique – Amphibiens – Evolution – Xénope – Bioinformatique – Développement

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Publications

2021

  1. Gut microbial ecology of Xenopus tadpoles across life stages. Scalvenzi, T., Clavereau, I., Bourge, M. and Pollet, N. (2021) 10.24072/pcjournal.53 – Peer Community Journal, Volume 1 (2021), article no. e41.
  2. Transcriptomic analysis of the trade-off between endurance and burst-performance in the frog Xenopus allofraseri. Ducret, V., Richards, A.J., Videlier, M., Scalvenzi, T., Moore, K.A., Paszkiewicz, K., Bonneaud, C., Pollet, N. and Herrel, A. (2021) BMC Genomics  22(1):204. doi: 10.1186/s12864-021-07517-1.
  3. Draft nuclear genome and complete mitogenome of the Mediterranean corn borer, Sesamia nonagrioides, a major pest of maize. Muller, H., Ogereau, D., Da-Lage, J.L., Capdevielle, C., Pollet, N., Fortuna, T., Jeannette, R., Kaiser, L. and Gilbert, C. (2021) doi: 10.1093/g3journal/jkab155 G3 (Bethesda).  11(7):jkab155.

2020

  1. A new method for long-read sequencing of animal mitochondrial genomes: application to the identification of equine mitochondrial DNA variants. Dhorne-Pollet, S., Barrey, E. and Pollet, N. (2020) BMC Genomics 21(1):785. doi: 10.1186/s12864-020-07183-9.
  2. Evolutionary Dynamics of the Repetitive DNA in the Karyotypes of Pipa carvalhoi and Xenopus tropicalis (Anura, Pipidae). (2020) Zattera ML, Gazolla CB, Soares AA, Gazoni T, Pollet N, Recco-Pimentel SM, Bruschi DP. Front Genet.  11:637. doi: 10.3389/fgene.2020.00637. eCollection 2020.
  3. Ancient Adaptive Lateral Gene Transfers in the Symbiotic Opalina-Blastocystis Stramenopile Lineage. (2020) Yubuki N, Galindo LJ, Reboul G, López-García P, Brown MW, Pollet N, Moreira D. Mol Biol Evol.  37(3):651-659. doi: 10.1093/molbev/msz250.

2017

  1. Bronchain, O. J., A. Chesneau, A. H. Monsoro-Burq, P. Jolivet, E. Paillard, T. S. Scanlan, B. A. Demeneix, L. M. Sachs & N. Pollet (2017) Implication of thyroid hormone signaling in neural crest cells migration: Evidence from thyroid hormone receptor beta knockdown and NH3 antagonist studies. Molecular and Cellular Endocrinology, 439, 233-246. 10.1016/j.mce.2016.09.007.
  2. Maharana, S. K., N. Pollet & G. Schlosser (2017) Identification of novel cis-regulatory elements of Eya1 in Xenopus laevis using BAC recombineering. Scientific Reports, 7, 11. 10.1038/s41598-017-15153-7.
  3. Spirhanzlova, P., S. Dhorne-Pollet, J. S. Fellah, C. Da Silva, T. Tlapakova, K. Labadie, J. Weissenbach, J. Poulain, T. Jaffredo, P. Wincker, V. Krylov & N. Pollet (2017) Construction and characterization of a BAC library for functional genomics in Xenopus tropicalis. Developmental Biology, 426, 255-260. 10.1016/j.ydbio.2016.05.015.

2016

  1. Spirhanzlova, P., Dhorne-Pollet, S., Fellah, J.S., Da Silva, C., Tlapakova, T., Labadie, K., Weissenbach, J., Poulain, J., Jaffredo, T., Wincker, P., Krylov, V., Pollet, N. (2016) Construction and characterization of a BAC library for functional genomics in Xenopus tropicalis. Dev Biol. in press. doi: 10.1016/j.ydbio.2016.05.015.
  2. Bronchain, O.J., Chesneau, A., Monsoro-Burq, A.-H., Jolivet, P., Paillard, E., Scanlan, T.S., Demeneix, B.A., Sachs, L.M., Pollet, N. (2016) Implication of thyroid hormone signaling in neural crest cells migration: Evidence from thyroid hormone receptor beta knockdown and NH3 antagonist studies. Molecular and Cellular Endocrinology in press.
  3. Tissier, J., J. C. Rage, R. Boistel, V. Fernandez, N. Pollet, G. Garcia & M. Laurin (2016) Synchrotron analysis of a ‘mummified’ salamander (Vertebrata: Caudata) from the Eocene of Quercy, France. Zoological Journal of the Linnean Society, 177, 147-164.

2015

  1. Vouillot, L., Thélie, A. and Pollet N. (2015) Comparison of T7E1 and Surveyor Mismatch Cleavage Assays To Detect Mutations Triggered by Engineered Nucleases. G3 (Bethesda). doi: 10.1534/g3.114.015834.
  2. Colombo, B.M., Scalvenzi, T., Benlamara, S. and Pollet, N. (2015) Microbiota and mucosal immunity in amphibians. Front Immunol.  6:111. doi: 10.3389/fimmu.2015.00111.
  3. Tissier, J., Rage, J.C., Boistel, R., Fernandez, V., Pollet, N., G Garcia, G. and Laurin, M. (2015) Synchrotron analysis of a ‘mummified’ salamander (Vertebrata: Caudata) from the Eocene of Quercy, France. Zoological Journal of the Linnean Society 177:147-164 doi: 10.1111/zoj.12341.

2014

  1. Plouhinec, J.L., Roche, D.D., Pegoraro, C., Figueiredo, A.L., Maczkowiak, F., Brunet, L.J., Milet, C., Vert, J.P., Pollet, N., Harland, R.M., Monsoro-Burq, A.H. (2014) Pax3 and Zic1 trigger the early neural crest gene regulatory network by the direct activation of multiple key neural crest specifiers. Dev. Biol. 386:461-72.
  2. Scalvenzi, T. and Pollet, N. (2014) Insights on genome size evolution from a miniature inverted repeat transposon driving a satellite DNA. Mol. Phyl. Evol. 81:1-9

2013

  1. Boistel, R., Aubin, T., Cloetens, P., Peyrin, F., Scotti, T., Herzog, P., Gerlach, J., Pollet, , Aubry, J.F. (2013) How minute sooglossid frogs hear without a middle ear. Proc Natl Acad Sci U S A 110:15360-4.
  2. Dhorne-Pollet, S., Thélie, A., Pollet, N. (2013) Validation of novel reference genes for RT-qPCR studies of gene expression in Xenopus tropicalis during embryonic and post-embryonic development. Dev Dyn. 242:709-17.

2012

  1. Sinzelle, L., Thuret, R., Hwang, H.Y., Herszberg, B., Paillard, E., Bronchain, O.J., Stemple, D.L., Dhorne-Pollet, S. and Pollet, N. (2012) Characterization of a novel Xenopus tropicalis cell line as a model for in vitro Genesis 50:316-24.
  2. Planson, A.G., Carbonell, P., Paillard, E., Pollet, N. and Faulon, J.L. (2012) Compound toxicity screening and structure-activity relationship modeling in Escherichia coli. Biotechnol Bioeng 109:846-50 doi : 10.1002/bit.24356
  3. Parain, K., Mazurier, N., Bronchain, O.J., Borday, C., Cabochette, P., Chesneau, A., Colozza, G., el Yakoubi, W., Hamdache, J., Gilchrist, M., Pollet, N. and Perron, M. (2012). A large scale screen for neural stem cell markers in Xenopus retina. Developmental Neurobiology. 72:491-506.
  4. Tempel, S., Pollet, N. and Tahi, F. (2012) ncRNAclassifier: a tool for detection and classification of transposable element sequences in RNA hairpins. BMC Bioinformatics. 13:246.

2011

  1. Demattei, M-V., Hedhili, S., Sinzelle, L., Bressac, C., Casteret, S., Moiré, N., Cambefort, J., Thomas, X., Pollet, N., Gantet, P., and Bigot, Y. (2011) Nuclear Importation of Mariner Transposases among Eukaryotes : Motif Requirements and Homo-Protein Interactions. PLoS ONE 6(8) : e23693. doi:10.1371/journal.pone.0023693
  2. Boistel, R., Aubin, T., Cloetens, P., Langer, M., Gillet, B., Josset, P., Pollet, N. and Herrel, A. (2011) Whispering to the Deaf : Communication by a Frog without External Vocal Sac or Tympanum in Noisy Environments. PLoS ONE 6(7) : e22080. doi:10.1371/journal.pone.0022080
  3. Sinzelle, L., Carradec, Q., Paillard, E., Bronchain, O.J. and Pollet, N. (2011) Characterization of a Xenopus tropicalis Endogenous Retrovirus with Developmental and Stress-Dependent Expression. J Virol 85:2167-2179.
  4. Pegoraro, C., Pollet, N. and Monsoro-Burq AH. (2011) Tissue-specific expression of Sarcoplasmic/Endoplasmic Reticulum Calcium ATPases (ATP2A/SERCA) 1, 2, 3 during Xenopus laevis development. Gene Expr Patterns 11:122-8.

2010

  1. Hellsten, U., Harland, R.M., Gilchrist, M.J., Hendrix, D., Jurka, ., Kapitonov, V., Ovcharenko, I., Putnam, N., Shu, S., Taher, L., Blitz, I., Blumberg, B., Dichann, D., Dubchak, I., Fletcher, R., Gerhard, D., Goodstein, D., Graves, T., Grigoriev, I., Grimwood, J., Kawashima, T., Lindquist, E., Mead, P., Mitros, T., Ota, Y., Poliakov, A., Pollet, N., Robert, J., Salamov, A., Sater, A., Schmutz, J., Terry, A., Vize, P., Warren, W., Wells, D., Wills, A., Zimmerman, L., Grainger, R., Grammer, T., Khokha, M., Richardson, P. and Rokhsar, D. (2010) The genome of the western clawed frog Xenopus tropicalis. Science 328:633-6.
  2. Pollet, N. (2010) Expression of immune genes during metamorphosis of Xenopus: a survey. Front Biosci. 15:348-58.
  3. Ymlahi-Ouazzani, Q., Bronchain, O.J., Paillard, E., Ballagny, C., Chesneau, A., Jadaud, A., Mazabraud, A. and Pollet, N. (2010) Reduced levels of survival motor neuron protein leads to aberrant motoneuron growth in a Xenopus model of muscular atrophy, Neurogenetics. 11 :27-40.
  4. Smelty, P., Marchal, C., Renard, R., Sinzelle, L., Pollet, N., Dunon, D., Jaffredo, T., Sire, J-Y, Fellah, J.S. (2010) Identification of the pre–T-cell receptor α chain in nonmammalian vertebrates challenges the structure–function of the molecule. Proc Natl Acad Sci U S A 107:19991-19996.

Photos

Ecole de terrain Ecotrop 2019 « Hommes et biodiversité » à Mbalmayo au Cameroun.

Test d’hypothèses et prédiction populationnelle à partir de marqueurs moléculaires lors d’opérations de lutte biologique.

Nov22

Test d’hypothèses et prédiction populationnelle à partir de marqueurs moléculaires lors d’opérations de lutte biologique

Nom de l’équipe d’accueil
Diversité, Ecologie et Evolution des Insectes Tropicaux

Responsable
Dupas

Profil du candidat
Biologie des populations (Dynamique et Génétique), biostatistiques, bioinformatique.

Descriptif du stage
Les opérations de lutte biologique constituent des expériences naturelles qu’il est envisageable d’analyser à l’aide d’outils bioinformatiques. Le logiciel BayesBC en cours de développement a pour objectif d’exploiter les données génétiques collectées lors d’opération de lutte biologique pour faire des prédictions et tester des hypothèses sur la dynamique spatiale et l’adaptation des agents introduits. Cet outil est développé dans le cadre de l’ARN ABC papogen (Adaptation in Biological Control, parasitoid population genomics, 20012-2016).
Un insecte parasitoïde antagoniste de chenilles ravageuses du maïs en Afrique a été introduit au Cameroun. Les individus lâchés et re-capturés après acclimatation ont été génotypés. La tache 5 du projet consiste au développement d’un modèle statistique pour d’estimer les paramètres de la dynamique spatiale en fonction de l’environnement à partir de données moléculaires géoréférencées. Un programme d’analyse bayesienne a été ecrit pour optimiser un modèle de survie-reproduction et dispersion en fonction de couches environnementales. L’objectif du stage est (1) d’appliquer ce modèles aux données microsatellites de l’opération Cotesia au Cameroun, et de tester le rôle des habitats sauvages dans l’expansion des populations, (2) de prédire l’évolution des populations dans le futur en utilisant les paramètres du modèle obtenu dans de simulations, (3) d’améliorer le modèle en (3a) prenant en compte la possibilité de chemins non linéaires entre les points de lâcher et recapture, et (3b) comparant les résultats sur plusieurs gènes pour tester leur rôle dans l’adaptation au milieu.

Références

Mots clefs
Démogénétique, approche bayesienne, modèle de niche

Contact
0169823725 dupas@legs.cnrs-gif.fr

Date de validité
Vendredi 31 Janvier 2014

Duré (mois)
6

Date de publication du stage
Mardi 08 Janvier 2013