MASTER 1 et 2
Doctoral position:
Dynamics of transposable elements : model and biostatistical approaches
Postdoc position: None
CDD: In french!
Missions
Le projet développé au laboratoire EGCE vise à caractériser les mécanismes et les facteurs expliquant les transferts horizontaux de matériel génétique entre espèces d’insectes. Le/la candidat/e sera impliqué/e dans trois des différents axes du projet. Le premier vise à caractériser la fréquence de transfert d’éléments transposables portés par des virus d’insectes vers leurs insectes hôtes. Le second a pour objectif de cartographier les transferts de gènes de guêpes parasitoïdes dans le génome d’un papillon infecté par ces guêpes. Le troisième évaluera l’effet de la distance géographique sur les taux de transferts d’éléments transposables entre espèces au cours de l’évolution des insectes. Ces différents axes reposent sur de l’analyse bioinformatique de séquences génomiques que nous devons produire au laboratoire. La mission du/de la candidat/e sera d’apporter un soutien technique à la réalisation d’infections virales d’insectes, au suivi des lignées infectées, ainsi qu’à la production des ADN à séquencer et à la construction des banques de séquençage. Ces travaux s’effectueront dans le cadre de trois projets financés par l’Agence Nationale de la Recherche, dont un en collaboration entre deux équipes du laboratoire EGCE.
Activités
Le/la candidat/e assistera des membres du laboratoire dans la réalisation d’infections expérimentales de drosophiles et de papillons et assurera le suivi des lignées infectées. Il/elle réalisera des purifications de particules virales, des dissections de chenilles, ainsi que des extractions d’ADN. Le/la candidat/e pourra également être impliquée dans la construction de banques de séquençage de longs reads via la technologie Oxford Nanopore. Le/la candidat/e devra faire preuve d’autonomie et sera fortement impliqué/e dans le design, la planification des expérimentations et l’adaptation et la mise au point de protocoles existants. Il/elle devra également être capable d’interpréter les résultats obtenus et de faire des comptes rendus de ses activités. Selon les motivations du/de la candidat/e, une partie des analyses bioinformatiques pourra lui être confiée. De plus, selon les aspirations du/de la candidat/e, celui/celle-ci pourrait poursuivre ses travaux dans notre équipe en candidatant à une bourse de thèse de l’école doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants de l’université Paris-Saclay.
Compétences
– maitriser les extractions d’ADN et la PCR
– savoir-faire un compte rendu des expérimentations en cours et des résultats obtenus
– avoir une expérience dans le suivi d’élevage d’insectes
– être rigoureux/se et organisé/e afin de mener plusieurs expériences en parallèle
– être capable de s’adapter aux contraintes des travaux de recherche
– être capable de travailler collégialement et faire preuve de souplesse et de bienveillance pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l’équipe
Contexte de travail
Le laboratoire Evolution, Génomes, Comportement, Ecologie (UMR CNRS IRD Université Paris-Sud) est un centre de recherche pluridisciplinaire en biologie évolutive situé à Gif-sur-Yvette, à 40 min de Paris en RER B, dans le parc naturel régional de la Haute Vallée de Chevreuse. Le laboratoire comprend environ 70 agents répartis en trois équipes de recherche. L’équipe d’accueil comprend une technicienne, deux ingénieurs, trois doctorants, et six chercheurs dont Clément Gilbert qui coordonnera les travaux du/de la candidat/e en collaboration avec Vincent Loiseau (Doctorant), Emilie Robillard (Assistante Ingénieur), et Laure Kaiser (Chercheuse). Tout le matériel biologique et l’équipement nécessaire à l’activité de recherche proposée sont disponibles au laboratoire.
Contact: clement.gilbert@egce.cnrs-gif.fr