Stéphane Dupas

Chargé de recherches

Equipe : Diversité Écologie et Évolution des Insectes Tropicaux

Transitions agro-écologiques et évolutives

Le but de mes recherches est mettre en place des systèmes d’analyses et d’accompagnement des changements passés présents et futurs dans les systèmes agro-écologiques. Elles comprennent un partie disciplinaire et une partie interventionniste. La partie disciplinaire concerne les réponses phylogéographiques et co-évolutives des insectes aux changements liés à l’agriculture. La partie de recherche/intervention concerne la mise en place de coopératives agroécologiques entre producteurs, clients, transporteurs et chercheurs. Ils allient des services destinés aux petit producteurs dans les domaines de la logistique et de la certification participatives et des systèmes d’information et de recherche pour l’aide à la décision.

Recherches disciplinaires

Les études génétiques et phylogénétiques mises en place visent à mieux comprendre et prédire les trajectoires co-évolutives des espèces et communautés associées à l’agriculture.

Coévolution en agriculture.

Les travaux réalisés sur les systèmes génétiques d’interaction hôte parasitoïde (entre drosophiles et parasitoïdes hyménoptères Figitidae du genre Leptopilina) et leur coévolution expérimentale expliquent les patrons géographiques d’interaction observés en Afrique. Ces systèmes génétiques déterminent aussi sur le long terme les trajectoires coévolutives. Certains, aspécifiques présentent une forte inertie phylogénétique, d’autres plus spécifiques lorsqu’ils émergent entraînent des processus de courses aux armements. Des modèles résistance – virulence similaires à ceux des parasitoïdes de la drosophile ont été caractérisés dans le cas de du parasitoïde Cotesia sesamiae (Hymenoptera: Braconidae) agent de lutte biologique contre les foreurs de tige de céréales cultivées en Afrique subsaharienne (Lepidoptera). Les patrons géographiques des interactions immunitaires ont été caractérisés à l’aide de d’expériences d’infestation au Kenya et à l’aide de marqueurs moléculaires portés par des Polydnavirus symbionte. En combinaison avec des marqueurs liés à l’isolement reproductifs portés par des symbiontes bacériens du genre Wolbachia nous avons mis en évidence les mécanismes de spécialisation adaptavie dans ce groupe.

Démogénétique environnementale

Les données de génétique des populations informent sur la dynamique spatiale, environnementale et écologique des espèces. La formalisation et l’inférence de ces modèles à partir de ces données environnementales, génétiques et sociales peut permettre d’établir des scénarios plus intégratifs pour prédire la réponse de la biodiversité aux changements globaux. Mais les modèles existants de génétique des populations supposent des populations idéales souvent homogènes ou peu nombreuses et ne rendent pas compte de manière formalisée les relations à l’environnement hétérogène ou aux réseaux de connectivités qui les tissent. Mon projet est d’inférer ce type de modèles dans un cadre bayésien, dans celui de la théorie des graphes et de la théorie de la coalescence en utilisant des fonctions reliant des données environnementales et les structures des réseaux sociaux à la dynamique des gènes. Nous travaillons sur des données de types spatio-temporelles dans le cadre d’opérations de lutte biologique ou l’on ajuste des processus de dynamique markoviennes, et sur des données spatiales et environnementales d’insectes au Kenya et en Amérique du Sud ou l’on ajuste des modèles de coalescences ou de théorie des graphes.

Recherche-intervention

Coopératives agroécologiques

Afin que ces outils démogénetiques puissent être alimentés et adoptés, ils sont intégrés dans notre nouveau système, agroecomakers dans le cadre de mon programme en expatriation en Colombie au sein du laboratoire international BIOINCA et du programme CCAFS Agroécologie pour l’action climatique en Amérique du sud. Agroecomakers sert d’appui à la construction de coopératives entre acteurs de la production, du transport et de consommation. Nous développons une application adaptée aux paysans (alimentation par reconnaissance vocale) et aux régions de faible connectivité (application hybride web-cellulaire). Les produits de la coopération seront (1) l’aide logistique par l’apprentissage de modèles d’anticipation de la production et de l’offre, de définition de routes pour les transporteurs du commerce direct, (2) la certification participative ; les producteurs collectent des informations sur les indicateurs écologiques (pièges d’insectes, activité microbienne du sol, estimation du carbonne organique), et les responsables associatifs, producteurs chercheurs ou clients les accompagnent dans la consolidation de la prise de données (3) la recherche participative pour tester des hypothèses agroécologiques sur la production. Le modèle économique des coopératives est la réduction des coûts de l’agroécologie de petite échelle, pour la logistique, la recherche, et la certification, et la compensation par un système de points. Les coopératives sont lancées sur quelques territoires proches en Colombie, Equateur, et Pérou.

Publications

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