Test d’hypothèses et prédiction populationnelle à partir de marqueurs moléculaires lors d’opérations de lutte biologique.

Test d’hypothèses et prédiction populationnelle à partir de marqueurs moléculaires lors d’opérations de lutte biologique

Nom de l’équipe d’accueil
Diversité, Ecologie et Evolution des Insectes Tropicaux

Responsable
Dupas

Profil du candidat
Biologie des populations (Dynamique et Génétique), biostatistiques, bioinformatique.

Descriptif du stage
Les opérations de lutte biologique constituent des expériences naturelles qu’il est envisageable d’analyser à l’aide d’outils bioinformatiques. Le logiciel BayesBC en cours de développement a pour objectif d’exploiter les données génétiques collectées lors d’opération de lutte biologique pour faire des prédictions et tester des hypothèses sur la dynamique spatiale et l’adaptation des agents introduits. Cet outil est développé dans le cadre de l’ARN ABC papogen (Adaptation in Biological Control, parasitoid population genomics, 20012-2016).
Un insecte parasitoïde antagoniste de chenilles ravageuses du maïs en Afrique a été introduit au Cameroun. Les individus lâchés et re-capturés après acclimatation ont été génotypés. La tache 5 du projet consiste au développement d’un modèle statistique pour d’estimer les paramètres de la dynamique spatiale en fonction de l’environnement à partir de données moléculaires géoréférencées. Un programme d’analyse bayesienne a été ecrit pour optimiser un modèle de survie-reproduction et dispersion en fonction de couches environnementales. L’objectif du stage est (1) d’appliquer ce modèles aux données microsatellites de l’opération Cotesia au Cameroun, et de tester le rôle des habitats sauvages dans l’expansion des populations, (2) de prédire l’évolution des populations dans le futur en utilisant les paramètres du modèle obtenu dans de simulations, (3) d’améliorer le modèle en (3a) prenant en compte la possibilité de chemins non linéaires entre les points de lâcher et recapture, et (3b) comparant les résultats sur plusieurs gènes pour tester leur rôle dans l’adaptation au milieu.

Références

Mots clefs
Démogénétique, approche bayesienne, modèle de niche

Contact
0169823725 dupas@legs.cnrs-gif.fr

Date de validité
Vendredi 31 Janvier 2014

Duré (mois)
6

Date de publication du stage
Mardi 08 Janvier 2013