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Offre de stage: Dynamique d’amplification des éléments transposables dans des populations expérimentales mimant un transfert horizontal.

Mot-clés: Éléments transposables, génomique, évolution expérimentale, Drosophile.

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Contexte

L’évolution du génome des eucaryotes est contrainte par différents facteurs, qui peuvent être externes (conditions extérieures) ou internes (mutations génétiques), adaptatives ou non adaptatives. Une bonne partie du génome est composée d’entités génétiques dites égoïstes, qui ne participent pas à l’adaptation de l’hôte qui les héberge, ce qui crée des conflits génétiques. Il s’agit principalement des éléments transposables (ÉT), capables de se déplacer d’un site génomique à un autre, de se multiplier tels des parasites, et qui sont responsables de nombre de mutations délétères. Ils contribuent cependant énormément à la diversité génétique et sont ainsi des moteurs de l’évolution. Tous les génomes eucaryotes en sont pourvus (Hua-Van et al. 2011). On trouve en général des centaines de familles d’ÉT différentes, plus ou moins actives, présentes en un nombre plus ou moins élevé de copies, et qui contribuent passivement à la taille des génomes, mais aussi à leur structure et leur fonctionnement. Cette interaction entre éléments transposables et génome restent mal décryptée (Bourque et al. 2018). Au-delà de leur effet néfaste qui devrait les faire disparaitre, leur persistance ne s’explique pas uniquement par leur activité de multiplication car tôt ou tard, ces éléments accumulent des mutations qui les rendent inactifs. Le transfert horizontal (transfert d’ADN entre espèces par des moyens autres que la reproduction sexuée) semble ainsi être la cause majeure de leur maintien à long terme dans les génomes (Schaack et al 2010). Si les transferts horizontaux de gènes sont fréquents chez les procaryotes, l’immense majorité des transferts chez les eucaryotes concernent les éléments transposables (Peccoud et al. 2017). On connait mal les conditions de transfert mais plusieurs points cruciaux sont nécessaires à leur réussite, comme par exemple la nécessité d’atteindre la lignée germinale pour être transmis, mais aussi leur capacité d’amplification dans le nouveau génome, c’est-à-dire leur dynamique post-transfert.

Cette dynamique peut être influencée par plusieurs paramètres. Elle est tout d’abord en lien avec la structure ou le type de l’élément. En effet, les éléments transposables sont répartis en deux grande classes, selon leur mode de transposition, copier-coller via une copie ARN rétrotranscrite (éléments de classe I), ou couper-coller par excision de la copie et réinsertion directe à un autre endroit du génome (éléments de classe II) (Wicker et al. 2007). Le mode copier-coller est réplicatif par nature et peut conduire à l’accumulation d’un grand nombre de copies. Le mode couper-coller est le plus souvent non réplicatif, mais conduit aussi à l’amplification de l’élément si la transposition intervient lors de la réplication de l’ADN, notamment si elle a lieu d’un site donneur répliqué à un site receveur non répliqué, ou selon que la cassure double brin laissée lors de l’excision est réparée de manière directe (NHEJ, Non-Homologous End-Joining) ou par matrice homologue (permettant de recopier l’élément au site donneur). La pérennité des insertions est différente également entre les deux classes, car les insertions d’ET de classe I ne peuvent disparaître du génome que par délétions génomiques. L’activité spécifique de la machinerie enzymatique de la transposition codée par les éléments détermine aussi leur capacité à s’amplifier. Par ailleurs, il est admis que les insertions ont un effet moyen légèrement délétère, puisqu’elles peuvent inactiver des gènes ou perturber le bon fonctionnement du génome. La sélection naturelle intervient donc et tend à éliminer ces insertions, il s’agit donc d’une force antagoniste à la transposition. Pour lutter contre l’envahissement, le génome possède des systèmes de défense, tel que le système PIWI, qui réduit la transposition en régulant l’expression de ces éléments par interférence ARN et modifications épigénétiques (Czech et al. 2018). Finalement, les paramètres démographiques influencent aussi la dynamique. Par exemple la sélection naturelle est plus efficace lorsque la taille effective de la population est grande et donc la dérive génétique faible. L’efficacité des voies de régulations varient également au cours de la vie des individus. Il est donc possible que le temps de génération ait une influence.

C‘est la compréhension de cette dynamique qui nous intéresse et nous abordons cette thématique au laboratoire grâce à une approche d’évolution expérimentale sur un organisme modèle, la drosophile (Robillard et al. 2016). Les transferts horizontaux sont mimés par l’introduction de nouveaux éléments par transgenèse (CRISPR-Cas9). L’amplification de l’élément et l’envahissement des populations dans des conditions contrôlées sont suivis par séquençage régulier des génomes de la population (pool-seq Illumina). Nous avons des données pour plusieurs éléments transposables (Classe I et Classe II), ou obtenues dans différentes conditions (taille de population, temps de génération), ou présence de copies non-autonomes pouvant interférer avec la dynamique.

Objectifs

L’objectif du stage est d’analyser ces données de séquences, c’est-à-dire identifier et localiser les sites d’insertions, caractériser la fréquence de chaque insertion, et leur évolution au sein de la population au cours du temps, afin d’en déduire des informations clés tels que la variation temporelle du taux de transposition de l’élément, la mise de place de régulation par le génome (insertions dans des locus régulateurs), la préférence insertionnelle des éléments (par rapport aux gènes ou aux autres éléments transposables, ou par rapport à d’autres caractéristiques régionales des chromosomes), ou encore la durée de vie moyenne des insertions (disparition liée à la sélection, la dérive, ou l’excision). Pour ce faire, l’étudiant utilisera le pipeline développé au laboratoire permettant d’obtenir la localisation des insertions et leur fréquence, en l’adaptant aux différents types d’ÉT le cas échéant. Il sera amené à développer de nouveaux scripts pour les analyses subséquentes. La comparaison des dynamiques obtenues dans les différentes conditions nous permettra d’évaluer l’impact relatif des différents paramètres qui déterminent la dynamique et le succès de l’élément suite à son arrivée dans une nouvelle espèce.

Profil

Une formation solide en biologie de l’évolution et en génomique est requise. L’étudiant(e) devra principalement mettre en place une série d’analyses bio-informatiques afin de détecter les insertions des éléments mariner dans les génomes des populations expérimentales séquencées, et analyser ces données. Des connaissances en bio-informatique, traitement de données haut-débit, et en programmation (Python, R, bash), seraient un plus. Le stage se déroulera au sein de l’Institut Diversité, Écologie, et Évolution, dans l’unité EGCE à Gif-sur-Yvette, sous la direction d’Arnaud Le Rouzic (arnaud.le-rouzic@universite-paris-saclay.fr) et Aurélie Hua-Van (aurelie.hua-van@universite-paris-saclay.fr).

References bibliographiques

Bourque, Guillaume, Kathleen H Burns, Mary Gehring, Vera Gorbunova, Andrei Seluanov, Molly Hammell, Michaël Imbeault, et al. “Ten Things You Should Know about Transposable Elements.” Genome Biol 19, no. 1 (November 2018): 199.

Czech, Benjamin, Marzia Munafò, Filippo Ciabrelli, Evelyn L Eastwood, Martin H Fabry, Emma Kneuss, and Gregory J Hannon. “PiRNA-Guided Genome Defense: From Biogenesis to Silencing.” Annu Rev Genet 52 (November 2018): 131–57.

Hua-Van, Aurélie, Arnaud Le Rouzic, Thibaud S Boutin, Jonathan Filée, and Pierre Capy. “The Struggle for Life of the Genome’s Selfish Architects.” Biol Direct 6 (March 2011): 19.

Peccoud, Jean, Vincent Loiseau, Richard Cordaux, and Clément Gilbert. “Massive Horizontal Transfer of Transposable Elements in Insects.” Proc Natl Acad Sci U S A 114, no. 18 (May 2017): 4721–26.

Robillard, Émilie, Arnaud Le Rouzic, Zheng Zhang, Pierre Capy, and Aurélie Hua-Van. “Experimental Evolution Reveals Hyperparasitic Interactions among Transposable Elements.” Proc Natl Acad Sci U S A 113, no. 51 (December 2016): 14763–68.

Schaack, Sarah, Clément Gilbert, and Cédric Feschotte. “Promiscuous DNA: Horizontal Transfer of Transposable Elements and Why It Matters for Eukaryotic Evolution.” Trends Ecol Evol 25, no. 9 (September 2010): 537–46.

Wicker, Thomas, François Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, et al. “A Unified Classification System for Eukaryotic Transposable Elements.” Nat Rev Genet 8, no. 12 (December 2007): 973–82.

Offre de stage: Comprendre le lien entre les élements transposables et l’évolution du transcriptome chez le champignon pathogène Zymoseptoria tritici.

Niveau Master 2 / Recherche

Mot-clés: Éléments transposables, régulation en cis, transcriptome, évolution expérimentale, champignon.

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Contexte

Les éléments génétiques égoïstes comme les éléments transposables sont parfois domestiqués par le génome hôte, ils peuvent alors jouer un rôle significatif dans l’évolution adaptative, soit en créant de nouvelles mutations, soit en étant à l’origine de gènes dérivés des séquences codantes des éléments. En s’insérant dans les promoteurs des gènes, les éléments transposables peuvent aussi affecter leur expression; les données récentes suggèrent que les éléments transposables peuvent modifier la régulation des gènes et le fonctionnement des réseaux de régulation de la transcription (voir Chuong et al 2017). Les éléments transposables sont connus pour jouer un rôle important dans l’évolution des champignons (Muszewska et al., 2019). Des travaux récents ont montré leur implication dans l’adaptation rapide contre la résistance mises en place par les plantes, notamment chez le champignon Zymoseptoria tritici (Singh et al., 2021). Nous étudions ce pathogène du blé, dont la séquence du génome est connue depuis 2011, et chez qui les familles d’éléments transposables ont été bien décrites (Goodwin, 2011; Dhillon, 2014). Des travaux récents ont mis en évidence une forte variation dans le contenu entre éléments transposables entre des isolats de souches naturelles (Badet et al., 2020, Lorrain et al., 2021). Malgré tout, le rôle des éléments transposables dans l’évolution de la régulation de l’expression est encore inconnu dans cette espèce. Nous avons récemment réalisé une série d’évolutions expérimentales in vitro, dans lesquelles des cellules de Zymoseptoria tritici ont été soumises à des températures stables ou fluctuantes (soit 17°C, soit 23°C, soit une alternance entre 17°C et 23°C tous les 2,5 jours). Un an d’élevage dans ces conditions représente environ 500 générations de reproduction asexuée. Nous avons séquencé l’ARN de 8 des 18 lignées évoluées, ainsi que leurs ancêtres, à 17°C et 23°C (40 transcriptomes en tout, en prenant en tenant compte des deux réplicats par conditions), et nous analysons actuellement la séquence du génome avant et après évolution. Nous avons étudié l’évolution du transcriptome dans ces lignées, et nous avons identifié des gènes différentiellement exprimés entre les régimes de sélection stables et fluctuants. Ces gènes sont souvent localisés dans les régions du génome connues pour être riches en éléments transposables (Jallet et al, 2020); l’évolution des éléments transposables pendant cette expérience d’évolution en laboratoire reste par contre inconnue.

Objectifs

L’objectif principal de ce projet de master est d’identifier si des mutations provoquées par les mouvements des éléments transposables ont eu lieu pendant l’évolution expérimentale, et si l’expression des éléments transposables a été modifiée au cours de l’évolution. Pour atteindre cet objectif, nous proposons une approche en deux temps. Dans un premier temps, nous allons examiner la distribution et la nature des éléments transposables, et comparer ces distributions entre les génomes des ancêtres et des souches évoluées. Est-il possible d’identifier des nouvelles insertions; quelle est la nature des éléments mobiles et à quel taux ont-ils transposé pendant ces centaines de générations; est-ce que des gènes différentiellement exprimés sont localisés à proximité des nouvelles insertions? Dans un deuxième temps, nous étudierons la variation de l’expression des éléments transposables eux-mêmes, en partant des familles d’éléments transposables actifs identifiés à la première étape. Dans quelles régions du génome sont-ils localisés, y-a-t’il un effet du régime de sélection sur ces éléments? Quelles sont les interactions entre l’évolution de l’expression des gènes de l’hôte et l’évolution de l’expression des éléments transposables?

Profil

Une formation solide en biologie de l’évolution et en génomique est requise. L’étudiant(e) devra principalement mettre en place une série d’analyses bio-informatiques afin de détecter des variants structuraux (grandes insertions ou déletions) entre lignées. Sur la base d’un mélange de séquences Illumina et MinION (nanopore), le(la) stagiaire devra annoter les différences entre les génomes. Des connaissances en statistiques, en particulier pour détecter les gènes différentiellement exprimés, serait un plus. Le stage se déroulera au sein de l’Institut Diversité, Écologie, et Évolution, dans l’unité EGCE à Gif-sur-Yvette, sous la direction d’Aurélie Hua-Van (aurelie.hua-van@universite-paris-saclay.fr) et Anne Genissel (anne.genissel@inrae.fr, BIOGER Unit, Thiverval-Grignon), en étroite collaboration avec Arnaud Le Rouzic (arnaud.le-rouzic@universite-paris-saclay.fr).

References bibliographiques

Badet, T., Oggenfuss, U., Abraham, L., McDonald BA. and D. Croll. 2020. A 19-isolate reference-quality global pangenome for the fungal wheat pathogen Zymoseptoria tritici. BMC Biol 18, 12 (2020)

Chuong EB., Elde NC, and C Feschotte. 2017. Regulatory activities of transposable elements: from conflicts to benefits. Nat Rev Genet 18, 71-86.

Dhillon B, Gill N, Hamelin RC, Goodwin SB. 2014. The landscape of transposable elements in the finished genome of the fungal wheat pathogen Mycosphaerella graminicola. BMC Genomics. 15: 1132.

Goodwin, S.B., M’ Barek, S.B., Dhillon, B., Wittenberg, A.H., Crane, C.F., Hane, J.K., et al., 2011. Finished genome of the fungal wheat pathogen Mycosphaerella graminicola reveals dispensome structure, chromosome plasticity, and stealth pathogenesis. PLoS Genet. 7, e1002070.

Jallet AJ., Le Rouzic A. and A. Genissel. 2020. Evolution and plasticity of the transcriptome under temperature fluctuations in the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici. Frontiers in Microbiology, 11: 2180.

Lorrain C., Feurtey A., Möller M., Haueisen J. and E. Stukenbrock. 2021. Dynamics of transposable elements in recently diverged fungal pathogens: lineage-specific transposable element content and efficiency of genome defenses. G3 11, jkab068.

Muszewska, A., Steczkiewicz, K., Stepniewska-Dziubinska, M. and K. Ginalski. 2019. Transposable elements contribute to fungal genes and impact fungal lifestyle. Sci Rep 9, 4307.

Singh, N.K., Badet, T., Abraham, L. and D. Croll. 2021. Rapid sequence evolution driven by transposable elements at a virulence locus in a fungal wheat pathogen. BMC Genomics22,393.

Stage de M2 ou de M1 prolongé: Effet de l’alpha-amylase sur le comportement de ponte d’une guêpe parasitoïde sur la chenille de son hôte Sesamia nonagrioides

Stage proposé par Jean-Luc Da Lage (jean-luc.da-lage@egce.cnrs-gif.fr) et Taiadjana Fortuna (taiadjanafortuna@gmail.com) avec Paul-André Calatayud (pcalatayud@icipe.org)

Sesamia nonagrioides est un papillon (Noctuidae) ravageur du maïs en Afrique et en Europe. Dans le cadre du développement de la lutte biologique, alternative à l’utilisation de pesticides, on vise à utiliser des prédateurs naturels pour contrôler les populations. En Afrique, S. nonagrioides est parasitée par une guêpe parasitoïde, Cotesia typhae, qui pond ses œufs dans les chenilles de son hôte. Pour repérer sa proie, le parasitoïde fait appel à son olfaction à longue distance, mais à courte distance, il doit identifier son hôte en utilisant d’autres signaux chimiques.

Des études antérieures ont montré chez d’autres espèces de papillons ravageurs que des régurgitations de la chenille contenaient des substances qui stimulaient le comportement de ponte de la guêpe. On a pu identifier une substance majeure, qui n’est autre qu’une enzyme digestive abondante, l’alpha-amylase.

Chez S. nonagrioides, on ne sait pas si le même système de reconnaissance hôte-parasite est à l’œuvre. On se propose de tester cette possibilité en produisant in vitro différentes amylases codées par le génome de S. nonagrioides, récemment séquencé au laboratoire, et en observant le comportement du parasitoïde vis-à-vis de leurres imprégnés de ces protéines. Dans le cadre du stage, on préparera les constructions de plasmide d’expression des gènes d’amylase de S. nonagrioides, on procédera à leur expression en levure et à leur purification. Puis on étudiera l’effet  de ces protéines synthétisées sur le comportement du parasitoïde vis-à-vis de son hôte.

Ce stage convient à un.e étudiant.e motivé.e par l’expérimentation, par les manipulations en biologie moléculaire et comportementale. Il convient à un M2 ou à un M1 pouvant prolonger son stage.

Quelques publications sur le sujet:

Bichang’a, G., J.-L. Da Lage, C. Capdevielle-Dulac, M. Zivy, T. Balliau et al., 2018 α-Amylase Mediates Host Acceptance in the Braconid Parasitoid Cotesia flavipes. Journal of Chemical Ecology 44 (11): 1030-1039.

Obonyo, M., F. Schulthess, B. Le Ru, J. van den Berg, J.-F. Silvain et al., 2010 Importance of contact chemical cues in host recognition and acceptance by the braconid larval endoparasitoids Cotesia sesamiae and Cotesia flavipes. Biological Control 54:270-275.

Etude des transferts horizontaux de gènes de guêpes parasitoïdes à leurs lépidoptères hôtes.

Stage co-dirigé par Clément Gilbert (EGCE) et Elisabeth Huguet (IRBI, Tours)

Email : clement.gilbert@etce.cnrs-gif.fr

La plupart des guêpes parasitoïdes (Hymenoptera, Ichneumonoidea) sont koïnobiontes, c’est-à-dire qu’elles effectuent leur développement larvaire à l’intérieur des arthropodes qu’elles parasitent en maintenant ceux-ci en vie jusqu’à leur propre nymphose (Beckage and Drezen 2012). Ce type d’association intime et durable implique des interactions physiologiques et immunitaires relativement complexes entre les guêpes et leurs hôtes. Plusieurs familles de guêpes ont même domestiqué des gènes viraux intégrés dans leur génome, leur permettant de synthétiser des particules virales non réplicatives qu’elles injectent en même temps que leurs œufs dans les larves de leurs hôtes (Herniou et al. 2013 ; Drezen et al. 2017). Ces particules contiennent des facteurs de virulence (ADNs circulaires, protéines) qui atténuent la réponse immunitaire de l’hôte et facilitent ainsi le développement des larves de guêpes. Une étude récente réalisée en laboratoire à l’Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte (IRBI ; université de Tours) montre que de nombreuses copies des cercles d’ADN encapsidés dans les particules virales de la guêpe Cotesia congregata (Braconidae) sont intégrées de manière systématique, à chaque infection, dans le génome des cellules immunitaires de son hôte (le sphinx du tabac, Manduca sexta) (Chevignon et al. 2018). Ce phénomène de transformation génomique d’un hôte par son parasite eucaryote est unique. Il pourrait permettre, en absence de réplication virale, aux gènes viraux d’être maintenus et exprimés dans les cellules hôtes pendant tout le temps nécessaire au développement des embryons de guêpes. Cependant, le rôle joué par ces intégrations et leur importance dans les interactions guêpes/hôtes restent encore à éclaircir. Par ailleurs, on sait que certaines populations d’hôtes peuvent devenir résistantes au parasitisme, et donc survivre aux infections. Si des intégrations de cercles d’ADN de virus se produisaient dans la lignée germinale de ces populations résistantes, elles pourraient être transmises verticalement. Les interactions entre guêpes parasitoïdes et leurs hôtes offrent donc un contexte propice aux transferts horizontaux de matériel génétique (TH) entre espèces.

De manière générale, les TH semblent avoir joué un rôle plus important qu’on ne le pensait auparavant dans l’évolution des eucaryotes (Loreto et al. 2008; Schaack et al. 2010; Syvanen 2012; Boto 2014). Cependant les mécanismes expliquant ces transferts restent inconnus (Gilbert & Cordaux 2017). Plusieurs travaux montrent que des TH de gènes de guêpes parasitoïdes à des lépidoptères ont bien eu lieu dans le passé (Schneider and Thomas 2014; Gasmi et al. 2015). Mais ceux-ci sont trop anciens pour espérer comprendre comment ils se sont produits. La découverte des intégrations systématiques d’ADN viraux associés aux guêpes dans les génomes de lépidoptères parasités offre une opportunité unique de faire la lumière sur un des mécanismes possibles de TH entre animaux.

Le projet aura pour objectif de caractériser la fréquence des intégrations de cercles d’ADN d’un virus d’une guêpe proche de C. congregata (Cotesia typhae, (Kaiser et al. 2017)) chez différentes populations et espèces de lépidoptères. Il vise également à évaluer la possibilité que ces intégrations se produisent dans la lignée germinale et soient transmises verticalement chez des hôtes résistants. Les patrons d’intégration dans les cellules somatiques (hémocytes, corps gras) et germinales seront comparés entre populations sensibles et résistantes d’une espèce de lépidoptère cible, la sésamie du maïs, Sesamia nonagrioides (Benoist et al. 2017) et entre S. nonagrioides et une espèce qui n’est pas un hôte naturel (la pyrale du maïs, Ostrinia nubilalis). Les intégrations seront recherchées non seulement chez des individus parasités au laboratoire mais également dans des populations naturelles.

 

Références

Beckage, N. E., and J.-M. Drezen (Eds.), 2012 Parasitoid viruses: symbionts and pathogens. Elsevier/Academic Press, London ; New York.

Benoist, R., C. Chantre, C. Capdevielle-Dulac, M. Bodet, F. Mougel et al., 2017 Relationship between oviposition, virulence gene expression and parasitism success in Cotesia typhae nov. sp. parasitoid strains. Genetica 145: 469–479.

Boto, L., 2014 Horizontal gene transfer in the acquisition of novel traits by metazoans. Proc Biol Sci 281: 20132450.

Burke, G. R., S. A. Thomas, J. H. Eum, and M. R. Strand, 2013 Mutualistic Polydnaviruses Share Essential Replication Gene Functions with Pathogenic Ancestors (D. S. Schneider, Ed.). PLoS Pathog. 9: e1003348.

Chevignon G, Periquet G, Gyapay G, Vega-Czarny N, Musset K, Drezen JM, Huguet E. Cotesia congregata Bracovirus Circles Encoding PTP and Ankyrin Genes Integrate into the DNA of Parasitized Manduca sexta Hemocytes. J Virol. 2018 92(15).

Drezen, J.-M., M. Leobold, A. Bézier, E. Huguet, A.-N. Volkoff et al., 2017 Endogenous viruses of parasitic wasps: variations on a common theme. Curr. Opin. Virol. 25: 41–48.

Gasmi, L., H. Boulain, J. Gauthier, A. Hua-Van, K. Musset et al., 2015 Recurrent Domestication by Lepidoptera of Genes from Their Parasites Mediated by Bracoviruses. PLoS Genet. 11: e1005470.

Gilbert, C., and R. Cordaux, 2017 Viruses as vectors of horizontal transfer of genetic material in eukaryotes. Curr. Opin. Virol. 25: 16–22.

Herniou, E. A., E. Huguet, J. Theze, A. Bezier, G. Periquet et al., 2013 When parasitic wasps hijacked viruses: genomic and functional evolution of polydnaviruses. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 368: 20130051.

Kaiser, L., J. Fernandez-Triana, C. Capdevielle-Dulac, C. Chantre, M. Bodet et al., 2017 Systematics and biology of Cotesia typhae sp. n. (Hymenoptera, Braconidae, Microgastrinae), a potential biological control agent against the noctuid Mediterranean corn borer, Sesamia nonagrioides. ZooKeys 682: 105–136.

Loreto, E. L., C. M. Carareto, and P. Capy, 2008 Revisiting horizontal transfer of transposable elements in Drosophila. Hered. Edinb 100: 545–54.

Schaack, S., C. Gilbert, and C. Feschotte, 2010 Promiscuous DNA: horizontal transfer of transposable elements and why it matters for eukaryotic evolution. Trends Ecol Evol 25: 537–46.

Schneider, S. E., and J. H. Thomas, 2014 Accidental genetic engineers: horizontal sequence transfer from parasitoid wasps to their Lepidopteran hosts. PloS One 9: e109446.

Syvanen, M., 2012 Evolutionary implications of horizontal gene transfer. Annu. Rev. Genet. 46: 341–58.

 

Contexte, compétences recherchées, et encadrement

Nous recherchons un/e étudiant/e enthousiaste et motivé/e et ayant de bonnes connaissances en évolution génomique. Une des tâches principales du stage de M2 consistera à assembler et annoter le génome de Sesamia nonagrioides (en combinant des données illumina et PacBio). L’étudiant/e devra donc être à l’aise sur un terminal Unix et de préférence maitriser au moins un langage de programmation. Idéalement, l’étudiant/e réaliserait aussi quelques manips pilotes de biologie moléculaire de paillasse consistant à rechercher par PCR des inserts de Cotesia typhae dans des populations de lépidoptères. Nous prévoyons de continuer ce projet sur la durée d’une thèse, dont le financement devra être acquis par l’étudiant/e qui pourra postuler à l’école doctorale SDSV de l’université Paris-Saclay. Le stage se déroulera entièrement au laboratoire EGCE à Gif sur Yvette et sera encadré par Clément Gilbert (EGCE) et Elisabeth Huguet (IRBI, Tours).