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Offre de stage: Comprendre le lien entre les élements transposables et l’évolution du transcriptome chez le champignon pathogène Zymoseptoria tritici.

Niveau Master 2 / Recherche

Mot-clés: Éléments transposables, régulation en cis, transcriptome, évolution expérimentale, champignon.

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Contexte

Les éléments génétiques égoïstes comme les éléments transposables sont parfois domestiqués par le génome hôte, ils peuvent alors jouer un rôle significatif dans l’évolution adaptative, soit en créant de nouvelles mutations, soit en étant à l’origine de gènes dérivés des séquences codantes des éléments. En s’insérant dans les promoteurs des gènes, les éléments transposables peuvent aussi affecter leur expression; les données récentes suggèrent que les éléments transposables peuvent modifier la régulation des gènes et le fonctionnement des réseaux de régulation de la transcription (voir Chuong et al 2017). Les éléments transposables sont connus pour jouer un rôle important dans l’évolution des champignons (Muszewska et al., 2019). Des travaux récents ont montré leur implication dans l’adaptation rapide contre la résistance mises en place par les plantes, notamment chez le champignon Zymoseptoria tritici (Singh et al., 2021). Nous étudions ce pathogène du blé, dont la séquence du génome est connue depuis 2011, et chez qui les familles d’éléments transposables ont été bien décrites (Goodwin, 2011; Dhillon, 2014). Des travaux récents ont mis en évidence une forte variation dans le contenu entre éléments transposables entre des isolats de souches naturelles (Badet et al., 2020, Lorrain et al., 2021). Malgré tout, le rôle des éléments transposables dans l’évolution de la régulation de l’expression est encore inconnu dans cette espèce. Nous avons récemment réalisé une série d’évolutions expérimentales in vitro, dans lesquelles des cellules de Zymoseptoria tritici ont été soumises à des températures stables ou fluctuantes (soit 17°C, soit 23°C, soit une alternance entre 17°C et 23°C tous les 2,5 jours). Un an d’élevage dans ces conditions représente environ 500 générations de reproduction asexuée. Nous avons séquencé l’ARN de 8 des 18 lignées évoluées, ainsi que leurs ancêtres, à 17°C et 23°C (40 transcriptomes en tout, en prenant en tenant compte des deux réplicats par conditions), et nous analysons actuellement la séquence du génome avant et après évolution. Nous avons étudié l’évolution du transcriptome dans ces lignées, et nous avons identifié des gènes différentiellement exprimés entre les régimes de sélection stables et fluctuants. Ces gènes sont souvent localisés dans les régions du génome connues pour être riches en éléments transposables (Jallet et al, 2020); l’évolution des éléments transposables pendant cette expérience d’évolution en laboratoire reste par contre inconnue.

Objectifs

L’objectif principal de ce projet de master est d’identifier si des mutations provoquées par les mouvements des éléments transposables ont eu lieu pendant l’évolution expérimentale, et si l’expression des éléments transposables a été modifiée au cours de l’évolution. Pour atteindre cet objectif, nous proposons une approche en deux temps. Dans un premier temps, nous allons examiner la distribution et la nature des éléments transposables, et comparer ces distributions entre les génomes des ancêtres et des souches évoluées. Est-il possible d’identifier des nouvelles insertions; quelle est la nature des éléments mobiles et à quel taux ont-ils transposé pendant ces centaines de générations; est-ce que des gènes différentiellement exprimés sont localisés à proximité des nouvelles insertions? Dans un deuxième temps, nous étudierons la variation de l’expression des éléments transposables eux-mêmes, en partant des familles d’éléments transposables actifs identifiés à la première étape. Dans quelles régions du génome sont-ils localisés, y-a-t’il un effet du régime de sélection sur ces éléments? Quelles sont les interactions entre l’évolution de l’expression des gènes de l’hôte et l’évolution de l’expression des éléments transposables?

Profil

Une formation solide en biologie de l’évolution et en génomique est requise. L’étudiant(e) devra principalement mettre en place une série d’analyses bio-informatiques afin de détecter des variants structuraux (grandes insertions ou déletions) entre lignées. Sur la base d’un mélange de séquences Illumina et MinION (nanopore), le(la) stagiaire devra annoter les différences entre les génomes. Des connaissances en statistiques, en particulier pour détecter les gènes différentiellement exprimés, serait un plus. Le stage se déroulera au sein de l’Institut Diversité, Écologie, et Évolution, dans l’unité EGCE à Gif-sur-Yvette, sous la direction d’Aurélie Hua-Van (aurelie.hua-van@universite-paris-saclay.fr) et Anne Genissel (anne.genissel@inrae.fr, BIOGER Unit, Thiverval-Grignon), en étroite collaboration avec Arnaud Le Rouzic (arnaud.le-rouzic@universite-paris-saclay.fr).

References bibliographiques

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Lorrain C., Feurtey A., Möller M., Haueisen J. and E. Stukenbrock. 2021. Dynamics of transposable elements in recently diverged fungal pathogens: lineage-specific transposable element content and efficiency of genome defenses. G3 11, jkab068.

Muszewska, A., Steczkiewicz, K., Stepniewska-Dziubinska, M. and K. Ginalski. 2019. Transposable elements contribute to fungal genes and impact fungal lifestyle. Sci Rep 9, 4307.

Singh, N.K., Badet, T., Abraham, L. and D. Croll. 2021. Rapid sequence evolution driven by transposable elements at a virulence locus in a fungal wheat pathogen. BMC Genomics22,393.

Philippe Legall

legall


Chargé de recherches

Fax 33 1 69 82 37 36
Mèl. Philippe.Legall@egce.cnrs-gif.fr
Thèmes de Recherche
Philippe Le Gall est un entomologiste spécialiste de la biodiversité (systématique et évolution) et de l’écologie des insectes africains. Il s’intéresse tout particulièrement à la biogéographie de ces insectes dans un souci d’intégration des données disponibles sur la distribution géographique et l’évolution des espèces avec les données connues sur les paléoenvironnements. Après avoir étudié les relations plantes-insectes chez les criquets, il a développé des travaux sur la Biogéographie et l’écologie des communautés des insectes africains (entre autres sur la distribution géographique et écologie des Noctuidae foreurs des graminées dans la région du golfe de Guinée, en particulier au Cameroun,) et plus récemment sur les interactions Insectes/Homme à travers les insectes comestibles, le rôle des insectes dans la circulation de Mycobacterium ulcerans, bactérie pathogène chez l’homme et la faune domiciliaire et péri-domiciliaire d’insectes en Afrique Centrale.

PUBLICATIONS

Journaux à comité de lecture

Blaizot, R., C. Vanhecke, P. Le Gall, A. Duvignaud, M.-C. Receveur & D. Malvy (2018) Furuncular myiasis for the Western dermatologist: treatment in outpatient consultation. International journal of dermatology, 57, 227-230. 10.1111/ijd.13815.

Muafor, F., A. Gnetegha, E. Dounias, P. Le Gall & P. Levang (2017) Palm weevil farming contributing to food security in sub-saharan Africa. In Insects as food and feed: from production to consumption, eds. A. van Huis & J. Tomberlin. Wageningen academic publishers.

Meyin A Ebong, S., E. Petit, P. Le Gall, P.-P. Chen, N. Nieser, E. Guilbert, F. Njiokou, L. Marsollier, J.-F. Guegan, D. Pluot-Sigwalt, S. Eyangoh & M. Harry (2016) Molecular Species Delimitation and Morphology of Aquatic and Sub-Aquatic Bugs (Heteroptera) in Cameroon. PloS one, 11, e0154905-e0154905. 10.1371/journal.pone.0154905.

Le Gall, P. (2016) Les coléoptères dans l’alimentation de l’Homme. Pp 223-236 in : Motte-Florac E. & Le Gall P. (Eds) : Savoureux insectes. De l’aliment traditionnel à l’innovation gastronomique. Coll Tables des hommes. eds. E. Motte-Florac & P. Le Gall Presses Universitaire de Rennes, Presses Universitaire Francois Rabelais, IRD.

Le Gall, P. (2016) Perspectives sur la consommation et la production d’insectes dans les sociétés modernes PP391-400. In Savoureux insectes. De l’aliment traditionnel à l’innovation gastronomique. Coll Table des hommes, eds. E. Motte-Florac & P. Le Gall. Presses universitaires de Rennes, Presses universitaires François Rabelais, IRD.

Landier, J., G. C. de Magny, A. Garchitorena, J.-F. Guegan, J. Gaudart, L. Marsollier, P. Le Gall, T. Giles-Vernick, S. Eyangoh, A. Fontanet & G. Texier (2015b) Seasonal Patterns of Buruli Ulcer Incidence, Central Africa, 2002-2012. Emerging Infectious Diseases, 21, 1414-1417.

Le Gall, P., P. Levang & F. Muafor (2015) Les insectes comestibles: des pratiques ancestrales à un enjeu d’avenir pour la sécurité alimentaire et l’économie. Carrefour Sciences, 9, 7.

Vanhecke, C., P. Le Gall & B. Gauzere (2015a) Dermatite vésicante à Paederus au cameroun et revue de littérature. Vesicular contact dermatitis due to Paederus in Camroon and review of the litterature. Bulletin de la Société de pathologie exotique, 108, 328-336.

Vanhecke, C., R. Ndi Kweti Nguimfack, J. Lemarchand, V. Reichart & P. Le Gall (2015b) Oedème du visage provoqué par une myiase furonculoïde multifocale à Cordylobia rodhaini à Yaoundé-cameroun. La presse médicale, 44, 564-566.

Vanhecke, C., R. N. K. Nguimfack, J. Lemarchand, V. Reichart & P. Le Gall (2015c) Facial edema caused by multifocal myiasis of Cordylobia rodhaini in Yaounde – Cameroon. Presse Medicale, 44, 564-566.

Carolan, K., S. Meyin. A. Ebong, A. Garchitorena, J. Landier, D. Sanhueza, G. Texier, L. Marsollier, P. Le Gall, J. F. Guegan & D. Lo Seen (2014) Ecological niche modelling of Hemipteran insects in Cameroon; the paradox of a vector-borne transmission for Mycobacterium ulcerans, the causative agent of Buruli ulcer. International Journal of Health Geographics, 13.

Carolan, K., A. Garchitorena, G. E. Garcia-Pena, A. Morris, J. Landier, A. Fontanet, P. Le Gall, G. Texier, L. Marsollier, R. E. Gozlan, S. Eyangoh, D. Lo Seen & J. F. Guegan (2014) Topography and Land Cover of Watersheds Predicts the Distribution of the Environmental Pathogen Mycobacterium ulcerans in Aquatic Insects. Plos Neglected Tropical Diseases, 8.

Kudrna, A. & P. Le Gall (2014) Contribution to the knowledge of the Cicindelidae of Benin with collecting notes (Coleoptera Cicindelidae). Biodiversity Journal, 5, 459-470.

Muafor, F., P. Levang & P. Le Gall (2014) A crispy delicacy: Augosoma beetle as alternative source of protein in East Cameroon. International Journal of Biodiversity.

Ong’Amo, G., P. Le Gall, R. Ndemah & B. Le Ru (2014) Diversity and host range of Lepidopteran stemborer species in Cameroon. African Entomology, 22, 625-35.

Chapitres d’ouvrages

Le Gall, P. (2016) Les coléoptères dans l’alimentation de l’Homme. Pp 223-236 in : Motte-Florac E. & Le Gall P. (Eds) : Savoureux insectes. De l’aliment traditionnel à l’innovation gastronomique. Coll Tables des hommes. eds. E. Motte-Florac & P. Le Gall Presses Universitaire de Rennes, Presses Universitaire Francois Rabelais, IRD.

Le Gall, P. (2016) Perspectives sur la consommation et la production d’insectes dans les sociétés modernes PP391-400. In Savoureux insectes. De l’aliment traditionnel à l’innovation gastronomique. Coll Table des hommes, eds. E. Motte-Florac & P. Le Gall. Presses universitaires de Rennes, Presses universitaires François Rabelais, IRD.

Le Gall, P. & C. Vanhecke. 2015. Insectes Lépidoptères. In La fonction venimeuse dans le règne animal, eds. C. Rollard, J. Chippaux & M. Goyffon, 36-46. Editions Lavoisier tec & doc.

Le Gall, P. & C. Vanhecke. 2015. Insectes vésicants. In La fonction venimeuse dans le règne animal, eds. C. Rollard, J. Chippaux & M. Goyffon, 382-392. Editions Lavoisier Tec & Doc.

P. LE GALL & NEL A. 2013. Partie 1 Le monde fascinant des insectes, Chapitre 1.Paléoentomologie des insectes associés aux plantes. P. in Interactions insectes plantes, Sauvion N., Calatayud P.-A., Thiéry D. & Marion-Poll F., éditions Quae et IRD.

CALATAYUD P.A., DESNEUX N. & LE GALL P. 2013. Partie 2 Les plantes et les facteurs de l’environnement Ch. 13. Caractéristiques chimiques des plantes in Interactions insectes plantes, Sauvion N., Calatayud P.-A., Thiéry D. & Marion-Poll F., éditions Quae et IRD.

GOERGEN, G. DUPONT P., NEUENSCHWANDER P., TCHIBOZO & LE GALL P. 2011.ch 7 Insectes/Insects pp. 67-93 in Neuenschwander, P., Sinsin, B. & Goergen, G. (eds). Protection de la Nature en Afrique de l’Ouest: Une Liste Rouge pour le Bénin. Nature Conservation in West Africa: Red List for Benin. International Institute of Tropical Agriculture, Ibadan, Nigeria.

LE GALL P. et J. CASEWITZ WEULERSE, 1995: Première Partie Les Animaux Venimeux Actif II. Les Insectes Lépidoptères in « La Fonction venimeuse » M. GOYFFON et J. HEURTAULT dir. MASSON, 1995, p. 17 23.

LE GALL, P.1995: Première Partie Les Animaux Venimeux Actif. IV Insectes piqueurs autres que les Hyménoptères. in « La Fonction venimeuse » M. GOYFFON et J. HEURTAULT dir. MASSON, 1995, p.84 88.

LE GALL, P.,1995: Deuxième partie Les Animaux Venimeux Passifs. IV Les Insectes in « La Fonction venimeuse » M. GOYFFON et J. HEURTAULT dir. MASSON, 1995, p. 249 250.

LE GALL P., 1987-1988: Participation à la revue « La vie secrète de la Nature en France », parution de juillet 1987 à juillet 1998. 50 articles 24 fascicules. Editions Atlas.

PAULMIER I., LE GALL P. et GOYFFON M., 1989: Etude électrophorétique des activités glucosidasiques du tube digestif d’Insectes Orthoptères. Actes II Symp. Fr. Electrophorèse. Antibes 15 17 XII 1988 , p.12.

Livres

Motte-Florac, E. & P. Le Gall. 2016. Savoureux insectes. De l’aliment traditionnel à l’innovation gastronomique.: Presses universitaires de Rennes, Presses universitaires François Rabelais, IRD

Muafor, F., A. Gnetegha, P. Le Gall & P. Levang. 2015. Exploitation, trade and farming of palm weevil grubs in Cameroon. 54 p. Bogor Indonesia: CIFOR Working paper.

Articles dans des revues à comité de lecture
Indexées

ONG’AMO G.O., LE GALL P., NDEMAH R. & LE RU B.P. 20014. Diversity and host range of Lepidopteran stemborer species in Cameroon. African Entomology 22(3): 625–635.

CAROLAN K., MEYIN À EBONG S., GARCHITORENA A., LANDIER J., SANHUEZA D., TEXIER G., MARSOLLIER L., LE GALL P., GUÉGAN J.-F. & LO SEE D. 2014. Ecological niche modelling of Hemipteran insects in Cameroon; the paradox of a vector-borne transmission for Mycobacterium ulcerans, the causative agent of Buruli Ulcer. International Journal of Health Geographics

CAROLAN K., GARCHITORENA A., GARCÍA-PEÑA G.E., MORRIS A., LANDIER J., FONTANET A., LE GALL P., TEXIER G., MARSOLLIER L., GOZLAN R.E., EYANGOH S., LO SEEN D., GUÉGAN J.-F.. 2014. Topography and land cover of watersheds predicts the distribution of the environmental pathogen Mycobacterium ulcerans. PLOS Neglected Tropical Diseases.

HUBER B.A., LE GALL P., MAVOUNGOU J.F. 2014. Pholcid spiders from the Lower Guinean region of Central Africa: an overview, with descriptions of seven new species (Araneae, Pholcidae). European Journal of Taxonomy 81: 1-46. http://dx.doi.org/10.5852/ejt.2014.81

MUAFOR F. J., LEVANG P. & LE GALL P. 2014. A crispy delicacy: Augosoma beetle as alternative source of protein in East Cameroon. International Journal of Biodiversity, Article ID 214071, 7 pages. http://dx.doi.org/10.1155/2014/214071

RIBEIRO J.R.I., MEYIN-A-EBONG S.E., LE GALL P. & GUILBERT E. 2014. A taxonomic synopsis of Limnogeton Mayr, 1853 (Insecta: Hemiptera: Heteroptera: Belostomatidae). Zootaxa 3779 (5): 573–584. http://dx.doi.org/10.11646/zootaxa.3779.5.7

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PRIGENT S., LE GALL P., MBUNDA S.H. & VEUILLE M. 2013. Seasonal and altitudinal structure of drosophilid communities on Mt Oku (Cameroon Volcanic Line). Comptes Rendus Geoscience, 345: 316–326. http://dx.doi.org/10.1016/j.crte.2013.08.001

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MARION E., LANDIER J., BOISIER P., MARSOLLIER L., FONTANET A., LE GALL P., AUBRY J., DJEUNGA N., UMBOOCK U., EYANGOH S. 2011. Expansion of Buruli ulcer disease in Cameroon. Emerging Infectious Diseases, 17(3) : 551-553.

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M. SEZONLIN, S. DUPAS, B. LE RÜ, P. LE GALL, P. MOYAL, P.-A. CALATAYUD, I. GIFFARD, N. FAURE & J.-F. SILVAIN : 2006. Phylogeography and population genetics of the maize stalk borer Busseola fusca(Lepidoptera, Noctuidae) in sub-Saharan Africa. Molecular Ecology, 15 : 407–420.

M. SEZONLIN, S. DUPAS B. LE RÜ, N. FAURE, P. LE GALL, J.-F. SILVAIN 2006. Phylogeographic pattern and regional evolutionary history of the maize stalk borer Busseola fusca (Fuller) (Lepidoptera: Noctuidae) in sub-Saharan Africa. Annales de la Société entomologique de France 42(3-4): 339-351.

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PENCHENIER, L., MOUCHET, J., CROS, B., LE GALL, P., COSNEFROY, J.Y., QUEZEDE, P. ET J. CHANDENIER. 1994 : Invasions de Paederus sabaeus (Coleoptera : Staphylinidae) en Afrique Centrale. I. Aspects entomologiques et épidémiologiques. Bulletin de la Société de Pathologie Exotique, 87 : 45-48.

D’HONDT J.L, GOYFFON M. et LE GALL P., 1983: Etude électrophorétique comparée
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Non indexées

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DELARZE R. et LE GALL P., 1989: Quelques observations nouvelles ou intéressantes d’acridiens de Côte d’Ivoire (Orthoptera, Acridoidea). Nouvelle Revue d’Entomologie, 6 : 275-281.

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Actes de colloques

MEYIN S., EYANGOH S., MARION E., MARSOLLIER L., LE GALL P. 2011. Étude des espèces d’insectes aquatiques à Bankim, nouvelle zone d’endémie au Cameroun ; Réunion annuelle de l’OMS sur l’ulcère de Buruli 28 au 30 mars 2011, Genève, Suisse, p. 86. Conférence Invitée.

SEZONLIN M., DUPAS S., LE RU B., LE GALL P., SILVAIN J.F. (2004) – Génétique des populations et Phylogéographie d’un foreur de céréales : Cas du lépidoptère Busseola fusca en Afrique subsaharienne. In : IXèmes Journées Scientifiques du Réseau « Biotechnologies végétales : Amélioration des plantes et sécurité alimentaire (4-7 Octobre 2004, Lomé, Togo), pp. 107-112.

SEZONLIN, M., DUPAS, S. LE RU, B, LE GALL, P., MOYAL, P., BAILLE, D. & SILVAIN, J.F. 2002. Hétérogénéité populationnelle du foreur du maïs Busseola fusca (Lepidoptera, Noctuidae) en Afrique sub-saharienne – II Aspects génétiques. Vème Conférence Internationale Francophone d’Entomologie. Montréal, Canada, 14-18 juillet 2002.

LE RU, B, DUPAS, S., ONG’AMO, G., LE GALL, P., SEZONLIN, M., SILVAIN & J.F. 2002. Hétérogénéité populationnelle du foreur du maïs Busseola fusca (Lepidoptera, Noctuidae) en Afrique sub-saharienne – I Aspects écologiques. Vème Conférence Internationale Francophone d’Entomologie. Montréal, Canada, 14-18 juillet 2002.

ZANDJANAKOU, M., WYDRA, K., FANOU, A., LE GALL, P., AND RUDOLPH, K. 2001: The role of the variegated grasshopper Zonocerus variegatus as vector of cassava bacterial blight in West Africa. p. 353-358 In: S. DeBoer (ed.), Plant Pathogenic Bacteria. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht.

ZANDJANAKOU, M., WYDRA, K., BORGEMEISTER, C., LE GALL, P. AND RUDOLPH, K. 2001. The role of insects in dissemination of cassava and cowpea bacterial blight in West Africa. Conf. DPG AK Phytobakteriologie, Marburg, September 2000. Phytomedizin 31, 47-48.

FANOU, A., WYDRA, K., ZANDJANAKOU, M., LE GALL, P. AND RUDOLPH, K. 2001. Studies on the survival mode of Xanthomonas campestris pv. manihotis and the dissemination of cassava bacterial blight through weeds, plant debris and an insect vector. In: M.O. Akoroda and J.M. Ngeve (eds.) 7th Trienn. Symp. Intern. Soc. Trop. Root Crops Africa Branch (ISTRC-AB), Cotonou, Benin, 1998. pp. 569-575

LE GALL P., GUITTET A. & DJIHOU Z., 1999: Multiparasitism by Blaesoxipha filipjevi Rohdendorf, 1928 (Diptèra: Sarcophagidae: Multigramminae) of Zonocerus variegatus (Linné, 158) (Orthoptera: Acridoidea: Pyrgomorphidae). Integrated Pest and Vector Management and sustainable development in Africa. Thirteenth Congress of The African Association of Insect Scientist, Ouagadougou, 19-23 Juillet 1999.

DJIHOU Z. & LE GALL P., 1999: Usage des épidermes foliaires pour la
détermination du régime alimentaire d’insectes polyphages: exemple des Asteraceae. ). Integrated Pest and Vector Management and Sustainable Development in Africa. Thirteenth Congress of The African Association of Insect Scientist, Ouagadougou, 19-23 Juillet 1999.

LE GALL P. & SOUZA Y.R., 1995: Effets sur le manioc de la défoliation artificielle et naturelle par le Criquet Puant (Zonocerus variegatus L.). In Interactions Insectes Plantes. Actes des 5° journées du groupe « Interactions Insectes Plantes », Montpellier 26 et 27 octobre 1995. Ed. Calatayud P.A. & Vercambre B.. Collection Colloque CIRAD. Montpellier, France, p. 92-94.

LE GALL P. & SOUZA Y.R., 1995: Effets sur le manioc de la défoliation artificielle et naturelle par le Criquet Puant (Zonocerus variegatus L.). In Interactions Insectes Plantes. Actes des 5° journées du groupe « Interactions Insectes Plantes ». Montpellier 26 et 27 octobre 1995. Info Zoo(INRA), 12, 106-107.

BANI G & LE GALL P., 1995: Chromolaena odorata (L.) R & K au Congo. IIIrd International Workshop on Chromolaena odorata (L.) R & K. Abidjan.

FABRES G., BOHER B., BONATO O., CLATAYUD P.A., FARGETTE D., LE GALL P., LE RU B., SAVARY S., VERDIER V., 1994: Vers une gestion intégrée de la biocénose parasitaire du manioc en Afrique. C.R. Acad. Agric. Fr., 80, 8, 37-54.

PAULMIER I., LE GALL P. et GOYFFON M., 1989: Etude électrophorétique des activités glucosidasiques du tube digestif d’Insectes Orthoptères. Actes II Symp. Fr. Electrophorèse. Antibes 15 17 XII 1988 , p.12.

LE GALL P., RICHARD M. et GOYFFON M., 1983: Utilisation de l’électrophorèse des protéines dans l’études des acridiens. Communication au colloque « Electrophorèse et Taxonomie au Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris en Mai 1983. Résumé dans « Polymorphisme », 8, p.18.

LE GALL P., 1983 : Répartition des acridiens sur le territoire de la réserve de Lamto (Côte d’Ivoire). Communication au colloque « Allocation et Partage des Ressources ». Ecole Normale Supérieure de Paris, Décembre 1983.

AUDIOVISUEL

Conseiller scientifique sur le film « La cendre et la Vie », réalisation Alain Devez. CNRS audiovisuel, 198.
Conseiller scientifique sur le film « Hubert le Coléoptères ou la biodiversité en mouvement » réalisation Hubert Bataille et Joseph Fumtim, Canal IRD production. Juin 2012.
Conseiller scientifique sur le film « Les cadets de la Science »
Conseiller scientifique sur le film « Wild Things » avec Dominic Monagham, Cream Production for Chanel 5.

ORGANISATION D’EVENEMENTS SCIENTIFIQUES

LE GALL P. & MBUNDA S.W., 2013. Restitution scientifique des projets de l’Agence nationale de la Recherche (France) IFORA « Iles Forestières Africaines » et C3A : « Et si la 6ème extinction avait déjà eu lieu ? Causes et Conséquences de la dernière grande « Crise » environnementale (3000 ans BP) sur les écosystèmes forestiers d’Afrique équatoriale atlantique. ». Oku Nord-Ouest Cameroun, 1-2 mars 2013.
Co-organisateur du colloque « La forêt d’Afrique centrale: Biodiversité, Présente et Passée. Quels enjeux pour le futur? », colloque joint (projet C3A), (PPR FTH) et (la Banque Africaine de Données Polliniques), Yaoundé, 20-22 octobre 2013
Vice-président du comité d’organisation de la 20ème Conférence de l’Association Africaine des Entomologistes du 27 au 31 octobre 2013, Yaoundé, Cameroun.
LE GALL P. & MARION-POLL F. 2014. L’entomophagie et les insectes comestibles: ressources traditionnelles et enjeux d’avenir. Séminaire IRD/LEGS/IDEEV CNRS Gif sur Yvette 7 mars 2014.

DIFFUSION DES CONNAISSANCES

60 articles de vulgarisation
60 communications scientifiques
29 communications Grand public

COMMISSIONS-COMITES

– Commission des spécialistes « Biologie des Organismes » Muséum national d’Histoire naturelle de Paris. 2006-2008
– Comité de pilotage et Correspondant au Cameroun du Projet ANR C3A : 2010-2014
– Comité de pilotage et Correspondant au Cameroun du projet ANR Biodiversité : Iles FOrestières Africaines, 2007-2010.
– Comité scientifique du Programme Pluridisciplinaire de Recherche ‘Changements globaux, Biodiversité et Santé dans les zones forestières d’Afrique centrale’ IRD.
– Comité éditorial de la Faune de Madagascar. 2003-
– Comité de rédaction des Annales de la société entomologique de France. 2006-

MEMBRE DE SOCIÉTES SAVANTES
Membre de :
– la Société entomologique de France depuis 1975. Membre du Conseil d’administration et du Bureau
– de l’ACOREP-France depuis 1977
– Membre fondateur de la Société entomologique du Congo en 1992.
– de l’African Association of Insect Scientist depuis 1995
– à vie de la South African Society of Entomology depuis 1997
– de la Société Entomologique du Cameroun depuis 2008
– Président d’honneur de l’Association Living Forest Trust (Cameroun)

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Honey bee ecology – Identifying early-warning indicators of colony collapse

Funded PhD student position: « Honey bee ecology – Identifying early-warning indicators of colony collapse »

Lab & supervision:

PhD supervisor: Fabrice Requier (http://www.egce.cnrs-gif.fr/?p=10937)

Co-supervisor: François Rebaudo (http://www.egce.cnrs-gif.fr/?p=798)

Lab: UMR Évolution Génome Comportement Écologie (EGCE), Université Paris-Saclay, CNRS, IRD ; Bat. 13, campus CNRS, 1 Avenue de la Terrasse ; 91190 Gif-sur-Yvette, France

Context: Over the past 20 years, the substantial and global decline of bees has been alarming as they provide critical pollination services (Goulson et al. 2015). In particular, the mortality of honey bee colonies (Apis mellifera) has attracted a lot of attention due to its important role for human well-being by producing honey, sustaining populations of wild plants and supporting production of major crops (Potts et al. 2016). Unfortunately, abnormal high mortality rates of honey bee colonies have been revealed in several regions of the world, including Europe where it can reach up to 25–50% every winter (Gray et al. 2019) leading to strong impacts on beekeeper economy and sustainability, and consequences for associated services. Routine monitoring of colonies is now a common practice of beekeepers to check for potential disorders, changes in productivity or to follow their performance in breeding apiaries. Such techniques are also used in research as monitoring to predict and anticipate disorders’ occurrence (Requier et al. 2017). Nevertheless, routine monitoring is only possible from spring to autumn since opening the hives when temperatures are cold put at risk the colony survival by failure in thermoregulation. Beehives are therefore considered as black boxes by beekeepers during winter, although the colony mortality mainly occurs during this critical period (Gray et al. 2019).

Objectives: This PhD project aims to develop and use information and telecommunication technologies (ICT, e.g. Barlow & O’Neill 2020) as automatic monitoring of honey bee colony dynamics in order to (1) understand mechanisms underlying winter mortality risk and to (2) identify early-warning indicators that could help beekeepers limiting colony losses and related economic deficits. The PhD student will carry out field experiments (combining traditional field observations with automated systems using low-cost sensors developed within the project to track bee colony dynamics in continue and in real time) in various sites distributed along a gradient in landscape complexity (agriculture, urban and semi-natural). Field data will be associated with mechanistic models (e.g. Henry et al. 2017) to assess the risk of colony mortality and to identify early-warning indicators. Hypotheses of landscape and carry-over effects will be particularly tested (Requier et al. 2017). The final goals are (i) to improve knowledge on honey bee ecology, (ii) to analyse the effect of environmental pressures on bee mortalities, and (iii) to derivate decision-support tools for beekeepers to sustain their professional activities. This PhD project is part of a European Era-Net ICT-AGRI-FOOD project that will cover for operational needs, field trips and materials, as well as participation in conferences. Within the framework of this project, close collaborations are planned with the University of Würzburg – Department of Animal Ecology and Tropical Biology (Germany) and the Hellenic Agricultural Organization « DEMETER » – Department of Apiculture (Greece). The PhD results will be promoted through publications in international peer-reviewed journals and through participation in conferences.

References:

Barlow, S.E., O’Neill, M.A. (2020) Technological advances in field studies of pollinator ecology and the future of e-ecology. Current Opinion in Insect Science 38:15–25. https://doi.org/10.1016/j.cois.2020.01.008

Goulson, D., Nicholls, E., Botías, C., Rotheray, E.L. (2015) Bee declines driven by combined Goulson, D., Nicholls, E., Botías, C., Rotheray, E.L. (2015) Bee declines driven by combined stress from parasites, pesticides, and lack of flowers. Science 347:1255957. https://doi.org/10.1126/science.1255957

Gray, A., Brodschneider, R., Adjlane, N., Ballis, A., Brusbardis, V., Charrière, J.D. et al. (2019) Loss rates of honey bee colonies during winter 2017/18 in 36 countries participating in the COLOSS survey, including effects of forage sources. Journal of Apicultural Research 58:479–485. https://doi.org/10.1080/00218839.2019.1615661

Henry, M., Becher, M.A., Osborne, J.L., Kennedy, P.J., Aupinel, P., Bretagnolle, V., […] Requier, F. (2017) Predictive systems models can help elucidate bee declines driven by multiple combined stressors. Apidologie 48:328–339. https://doi.org/10.1007/s13592-016-0476-0

Potts, S.G. et al. (2016) Safeguarding pollinators and their values to human well-being. Nature 540:220–229. https://doi.org/10.1038/nature20588

Requier, F., Odoux, J.F., Henry, M., Bretagnolle, V. (2017) The carry‐over effects of pollen shortage decrease the survival of honeybee colonies in farmlands. Journal of Applied Ecology 54:1161–1170. https://doi.org/10.1111/1365-2664.12836

Profile and skills requested:

– MSc in Ecology, Agroecology, Zoology or a related field

– Knowledge of evolutionary ecology and behavioral ecology

– Knowledge of pollinator ecology and / or beekeeping will be appreciated

– Strong interest in statistics, modelling and programming; proficiency with the R software (www.r-project.org) and/or the Python programming language (www.python.org)

– Motivation for field experimentation and the use of ICT

– Rigor, autonomy, and interpersonal skills

– English proficiency

– Writing skills

Conditions: A 3-year PhD contract starting in February 2021. Gross monthly remuneration according to public services positions in France of about 1760€. The doctoral student will integrate the UMR EGCE (www.egce.cnrs-gif.fr) and will be registered at the ABIES doctoral school (www.agroparistech.fr/abies).

Application procedures: Send your application in a single pdf file by email to fabrice.requier@egce.cnrs-gif.fr no later than November 31, 2020. Title your email “PhD student position 2021 – Honey bee ecology”. Your application must include (i) a letter stating your motivations for this project, (ii) a CV and (iii) the names (with e-mail addresses) of two referees. The interviews will take place at the beginning of December for a start of the contract in February 2021.

Cette entrée a été publiée le 27 octobre 2020, dans Non classé.