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Offre de stage M2: Évolution des corrélations génétiques dans les réseaux de gènes

Description du stage :

La complexité des bases génétiques des caractères quantitatifs (morphologiques, physiologiques, ou comportementaux) est souvent attribuée à l’organisation des gènes en réseaux d’interaction. L’évolution de ces caractères est donc en partie influencée ou contrainte par la capacité de ces réseaux à créer, supprimer, ou modifier des connexions entre les gènes.

Les réseaux de régulation de la transcription des gènes, typiquement, sont caractérisés par la structure de leurs patrons de co-expression (ensemble de gènes qui font partie d’un même module de régulation, et dont l’expression est génétiquement corrélée). Dans quelle mesure l’existence de ces structures favorise, ou au contraire, contraint les capacités d’évolution des caractères phénotypique reste globalement très mal compris.

Depuis quelques années, des avancées théoriques en génétique quantitative, basées sur des modèles relativement simples, tendent à suggérer que la sélection pourrait, à long terme, elle-même modifier les corrélations génétiques (et donc que les contraintes sont susceptibles d’évoluer). L’objectif de ce stage est d’étendre ces études à des architectures génétiques plus complexes (modèles de réseaux de gènes), et d’évaluer dans quelles circonstances la sélection pourrait directement ou indirectement influencer l’évolution de la topologie et des propriétés des réseaux.

En pratique, le stage consistera à concevoir, réaliser, et analyser des séries de simulations numériques à l’aide d’un logiciel conçu au laboratoire et implémentant un modèle (simplifié) de réseau de régulation dans un contexte de génétique des populations (possibilité de simuler des mutations, de la sélection, de la reproduction sexuée entre individus). Des bases solides en génétique évolutive sont nécessaires; une aisance avec les outils informatiques usuels en bio-informatique (Bash, R, bases en programmation) serait souhaitable.

Références

  • Why and how genetic canalization evolves in gene regulatory networks; E Rünneburger, A Le Rouzic. BMC evolutionary biology 16 (1), 239
  • Jones, A. G., Bürger, R., & Arnold, S. J. (2014). Epistasis and natural selection shape the mutational architecture of complex traits. Nature communications, 5, 3709.

Intitulé et adresse du laboratoire :

Évolution, Génome, Comportement, Écologie

UMR 9191 CNRS-IRD-Univ. Paris-Sud-Univ. Paris-Saclay

Avenue de la terrasse, bâtiment 13, 91198 Gif-sur-Yvette

Responsable de stage : Le Rouzic, Arnaud, Chargé de recherche CNRS

Email : lerouzic@egce.cnrs-gif.fr

Tél : 01 69 82 37 65

Responsable de l’équipe d’appui : Hua-Van, Aurélie

Cette entrée a été publiée le 5 juillet 2019, dans Non classé.

2019 IDEEV day – thursday, January 24, 2019

Logo Ideev en tête courrier


Résumé du poster d’A. Cornille

IDEEV_Day_2019

Programme 10ème JIDEEV 24 Janvier 2019


The Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant

Welcomes you to the 10th annual event on thursday, January 24, 2019 in the IHES conference room in Bures-sur-Yvette.

Bienvenue sur le site de la 10ème JIDEEV! Elle aura lieu le jeudi 24 janvier 2019 a l’IHES à Bures-sur-Yvette.

IDEEV is a Research Federation composed of the laboratories and research teams working on Ecology and Evolution within Paris-Saclay University.


Application to the call of proposals until Thursday November 15, 2018.

Welcome on the registration form of the IDEEV day.

Registration is free but compulsory for all participants for organizational reasons.

Please fill in the following form (formatted following the given examples; compulsory elements are in red type) :

Name (example : Potter)

First name (example : Harry)

Email (example : Harry.Potter@laboratory.domain.country)

Phone number (example : 0102030405)

Research unit name (example : EGCE, ESE, GQE, I2BC, etc...)

Unit details (example : Building 13, 1 avenue de la Terrasse)

Postal code (example : 91198)

Town (example : Gif-sur-Yvette)


Lunch will be free of charge for the IDEEV day participants.

Will you be there for lunch ? yesno


Do you propose a presentation ? yesno

Presentation type : general scientific topicspecific scientific topicposter

Title

Abstract

Is your project financially supported by IDEEV ? yesno


To prove that you are not a robot, please copy the following text : captcha

Cette entrée a été publiée le 3 octobre 2018, dans Non classé.

Béatrice , Denis

bea2013

Engineer assisstant in Molecular and behavior biology

Assistant of Prevention

Phone:   33 1 69 82 37 43
Fax:  33 1 69 82 37 36
Mail:  Beatrice.Denis@egce.cnrs-gif.fr


      Equipe:    Pheromones, food, chemoreception and sexual selection (PACS)   

 

Time shared on two themes of research

– The first theme concerns the study of the drosophila male and female interactions (under group melanogaster)  during the coupling according to the evolution of the morphology of sperm cell and male seminal substances (with D. Joly).

The second theme concerns the study of the impact of bitter substances toxicity on reproduction in Drosophila (with F. Marion-Poll).

Publications

DENIS B., MOREL B.,WICKER-THOMAS C. 2018 Role of sex peptide in Drosophila males.intechopen.74416, chapitre 5

BARON A., DENIS B.,WICKER-THOMAS C. 2018 Control of pheromone production by ovaries in Drosophila. Journal of Insect Physiology. August 2018, Vol. 109, 138

OULHACI M.C., DENIS B., KILANI-MORAKCHI S., SANDOZ J-C., KAISER-ARNAUD L., JOLY D. & ARIBI N. 2018 Azadirachtin effects on mating success, gametic abnormalities and progeny survival in Drosophila melanogaster (Diptera). Pest Management Science 74,174-180

ARIBI N., OULHACI M.C., KILANI-MORAKCHI S., SANDOZ J-C., KAISER L., DENIS B. & JOLY D. 2017 Azadirachtin impact on mate choice, female sexual receptivity and male activity in Drosophila melanogaster (Diptera: Drosophilidae). Pesticide Biochemistry and Physiology 143:95-101

DENIS* B.; CLAISSE* G; LE ROUZIC A.; WICKER-THOMAS C.; LEPENNETIER G.; JOLY D. 2017. Male accessory gland proteins affect differentially female sexual receptivity and remating in closely related Drosophila species. Journal of Insect Physiology 99, 67-77.*co-1er auteurs

ARIBI N., OULHACI C., BOULAHBEL B., JOLY D., DENIS B. & KILANI-MORAKCHI S. 2015. Negative effects of Azadirachtin (Neem-Azal) on non cibled species Drosophila melanogaster (Diptera): delayed effects on reproduction. Toxicology Letters, 238 (2): S103.

WICKER-THOMAS C., GARRIDO D., BONTONOU G., NAPAL L., MAZURAS N., DENIS, B., RUBINT., PARVYJ.P., MONTAGNE J. 2015 Flexible origin of hydrocarbon/pheromone precursors in Drosophila melanogaster. J. Lipid Res. 56, 2094-2101.

DENIS, B., LE ROUZIC  A. WICKER-THOMAS C. 2015 Hydorcarbon patterns and mating behaviour  in populations of Drosophila yakuba. Insects, 6, 897-911.

BONTONOU G., ABDUL SHAIK H., DENIS, B, WICKER-THOMAS C. 2015 Acp70A regulates Drosophila pheromones through juvenile hormone induction. Insect Biochemistry and Molecular Biology 56 (2015) 36-49

BEN CHEHIDA, Y., DENIS, B., CLAISSE, G., JOLY, D. 2014 What the study of seminal fluid proteins in Drosophila tells us about the evolution of reproduction. Medecine/Science 30:651-657

BONTONOU G., DENIS, B, WICKER-THOMAS C., 2013. Interaction between temperature and male pheromone in sexual isolation in Drosophila melanogaster. Journal of Evolutionary Biology. 2013 Sep;26(9):2008-20.

BONTONOU G., DENIS, B, WICKER-THOMAS C., 2012. Male pheromone polymorphism and reproductive isolation in populations of Drosophila simulans. Ecology and Evolution. 2012 Oct;2(10):2527-36.

JOLY D., LUCK N. and DEJONGHE B. 2008 Adaptations to long sperm in Drosophila: correlated development of the sperm roller and sperm packaging. J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol) 310: 167

LUCK N., DEJONGHE B., FRUCHARD S., HUGUENIN S. and JOLY D. 2007 Male and female effects on sperm precedence in the giant sperm species Drosophila bifurca. Genetica 130(3): 257

BAZIN C., DEJONGHE B. and HIGUET D. 2004 Is hobo permissivity related to I reactivity and sensitive to chromatin compaction in D. melanogaster ? Genetical research 84: 1

LUCK N.,, DEJONGHE B. and JOLY D. 2002 Sexual choice and remating in a giant sperm species of Drosophila. Proceedings of 9th International Symposium on Spermatology. Cape Town, G.Van der Horst, D. Franken, , R. Bornman, T. Bornam & S. Dyer (eds), Monduzzi Editore 0: 17

BONNIVARD E., BAZIN C., DENIS B. and HIGUET D. 2000 A scenario for the hobo transposable element invasion, deduced from the structure of natural populations of Drosophila melanogaster using tandem TPE repeats. Genet. Res. 75: 13

BAZIN C., DENIS B., CAPY P., BONNIVARD E. and HIGUET D. 1999 Characterization of permissivity for hobo-mediated gonadal dysgenesis in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet. 261: 480

Cette entrée a été publiée le 11 juillet 2018, dans Non classé.